Supplemental results for CODEML (seqf: algn  treef: tree)


dN/dS (w) for site classes (K=3)

p:   0.98794  0.00000  0.01206
w:   0.09887  1.00000178.86147

Naive Empirical Bayes (NEB) probabilities for 3 classes & postmean_w & P(w>1)
(amino acids refer to 1st sequence: Gorilla_gorilla)

   1 M   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
   2 A   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
   3 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
   4 Y   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
   5 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
   6 C   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
   7 C   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.100  0.000
   8 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
   9 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  10 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  11 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  12 R   0.99896 0.00000 0.00104 ( 1)  0.284  0.001
  13 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  14 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
  15 C   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  16 Y   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  17 R   0.99976 0.00000 0.00024 ( 1)  0.142  0.000
  18 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  19 S   0.99534 0.00000 0.00466 ( 1)  0.932  0.005
  20 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  21 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  22 R   0.99992 0.00000 0.00008 ( 1)  0.113  0.000
  23 C   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  24 Y   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.103  0.000
  25 R   0.99976 0.00000 0.00024 ( 1)  0.142  0.000
  26 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.100  0.000
  27 R   0.99971 0.00000 0.00029 ( 1)  0.151  0.000
  28 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  29 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  30 Q   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.105  0.000
  31 S   0.99986 0.00000 0.00014 ( 1)  0.123  0.000
  32 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  33 S   0.99880 0.00000 0.00120 ( 1)  0.313  0.001
  34 R   0.99942 0.00000 0.00058 ( 1)  0.202  0.001
  35 C   0.99996 0.00000 0.00004 ( 1)  0.106  0.000
  36 Y   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  37 R   0.99976 0.00000 0.00024 ( 1)  0.142  0.000
  38 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  39 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  40 Q   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.105  0.000
  41 S   0.99534 0.00000 0.00466 ( 1)  0.932  0.005
  42 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  43 S   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  44 R   0.99992 0.00000 0.00008 ( 1)  0.113  0.000
  45 C   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  46 Y   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  47 R   0.99976 0.00000 0.00024 ( 1)  0.142  0.000
  48 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.100  0.000
  49 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
  50 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  51 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
  52 S   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  53 R   0.99921 0.00000 0.00079 ( 1)  0.240  0.001
  54 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
  55 R   0.99975 0.00000 0.00025 ( 1)  0.143  0.000
  56 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  57 R   0.99800 0.00000 0.00200 ( 1)  0.456  0.002
  58 R   0.99883 0.00000 0.00117 ( 1)  0.307  0.001
  59 S   0.99852 0.00000 0.00148 ( 1)  0.364  0.001
  60 C   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  61 Q   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  62 T   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  63 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  64 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  65 R   0.99999 0.00000 0.00001 ( 1)  0.101  0.000
  66 A   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  67 M   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  68 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  69 C   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.105  0.000
  70 C   0.99703 0.00000 0.00297 ( 1)  0.631  0.003
  71 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  72 R   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  73 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  74 Y   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  75 R   0.99993 0.00000 0.00007 ( 1)  0.112  0.000
  76 L   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  77 R   0.99997 0.00000 0.00003 ( 1)  0.104  0.000
  78 R   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  79 R   0.99731 0.00000 0.00269 ( 1)  0.580  0.003
  80 R   0.98844 0.00000 0.01156 ( 1)  2.166  0.012
  81 P   0.00004 0.00000 0.99996 ( 3) 178.855  1.000
  82 Y   0.99998 0.00000 0.00002 ( 1)  0.102  0.000
  83 H   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  84 I   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  85 V   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000
  86 S   1.00000 0.00000 0.00000 ( 1)  0.099  0.000

Positively selected sites

	Prob(w>1)  mean w

    81 P      1.000**       178.855


lnL =  -517.824749

Bayes Empirical Bayes (BEB) probabilities for 3 classes (class) & postmean_w
(amino acids refer to 1st sequence: Gorilla_gorilla)

   1 M   0.96652 0.03140 0.00208 ( 1)  0.110 +-  0.219
   2 A   0.93808 0.04936 0.01255 ( 1)  0.183 +-  0.657
   3 R   0.97548 0.02272 0.00180 ( 1)  0.103 +-  0.238
   4 Y   0.97644 0.02259 0.00097 ( 1)  0.098 +-  0.164
   5 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
   6 C   0.98706 0.01251 0.00043 ( 1)  0.088 +-  0.131
   7 C   0.98074 0.01825 0.00102 ( 1)  0.095 +-  0.182
   8 R   0.97875 0.01974 0.00151 ( 1)  0.099 +-  0.224
   9 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  10 Q   0.97775 0.02131 0.00093 ( 1)  0.097 +-  0.165
  11 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  12 R   0.96174 0.03249 0.00577 ( 1)  0.135 +-  0.484
  13 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  14 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
  15 C   0.97271 0.02545 0.00184 ( 1)  0.105 +-  0.228
  16 Y   0.97217 0.02641 0.00142 ( 1)  0.103 +-  0.190
  17 R   0.97290 0.02368 0.00342 ( 1)  0.115 +-  0.379
  18 Q   0.97775 0.02131 0.00093 ( 1)  0.097 +-  0.165
  19 S   0.74208 0.19856 0.05935 ( 1)  0.594 +-  1.498
  20 R   0.96411 0.03114 0.00475 ( 1)  0.126 +-  0.407
  21 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  22 R   0.97123 0.02616 0.00262 ( 1)  0.110 +-  0.296
  23 C   0.96712 0.03068 0.00219 ( 1)  0.110 +-  0.233
  24 Y   0.73374 0.23721 0.02905 ( 1)  0.399 +-  0.757
  25 R   0.97290 0.02368 0.00342 ( 1)  0.115 +-  0.379
  26 Q   0.97703 0.02193 0.00105 ( 1)  0.098 +-  0.175
  27 R   0.97113 0.02559 0.00329 ( 1)  0.114 +-  0.355
  28 Q   0.97092 0.02715 0.00193 ( 1)  0.106 +-  0.231
  29 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  30 Q   0.97404 0.02445 0.00152 ( 1)  0.102 +-  0.210
  31 S   0.97567 0.02227 0.00206 ( 1)  0.104 +-  0.271
  32 R   0.96411 0.03114 0.00475 ( 1)  0.126 +-  0.407
  33 S   0.77054 0.19899 0.03047 ( 1)  0.402 +-  0.971
  34 R   0.70058 0.24616 0.05327 ( 1)  0.557 +-  1.238
  35 C   0.97507 0.02335 0.00158 ( 1)  0.102 +-  0.216
  36 Y   0.97217 0.02641 0.00142 ( 1)  0.103 +-  0.190
  37 R   0.97290 0.02368 0.00342 ( 1)  0.115 +-  0.379
  38 Q   0.97775 0.02131 0.00093 ( 1)  0.097 +-  0.165
  39 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  40 Q   0.97401 0.02447 0.00152 ( 1)  0.102 +-  0.210
  41 S   0.74208 0.19856 0.05935 ( 1)  0.594 +-  1.498
  42 R   0.96411 0.03114 0.00475 ( 1)  0.126 +-  0.407
  43 S   0.98350 0.01555 0.00094 ( 1)  0.093 +-  0.185
  44 R   0.97123 0.02616 0.00262 ( 1)  0.110 +-  0.296
  45 C   0.96712 0.03068 0.00219 ( 1)  0.110 +-  0.233
  46 Y   0.97644 0.02259 0.00097 ( 1)  0.098 +-  0.164
  47 R   0.97290 0.02368 0.00342 ( 1)  0.115 +-  0.379
  48 Q   0.97703 0.02193 0.00105 ( 1)  0.098 +-  0.175
  49 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
  50 Q   0.97092 0.02715 0.00193 ( 1)  0.106 +-  0.231
  51 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
  52 S   0.97298 0.02548 0.00154 ( 1)  0.103 +-  0.205
  53 R   0.97073 0.02569 0.00359 ( 1)  0.118 +-  0.393
  54 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
  55 R   0.93815 0.04692 0.01493 ( 1)  0.203 +-  0.786
  56 R   0.97548 0.02272 0.00180 ( 1)  0.103 +-  0.238
  57 R   0.96427 0.02869 0.00704 ( 1)  0.141 +-  0.554
  58 R   0.95417 0.03437 0.01145 ( 1)  0.175 +-  0.721
  59 S   0.75845 0.20578 0.03576 ( 1)  0.439 +-  1.066
  60 C   0.98706 0.01251 0.00043 ( 1)  0.088 +-  0.131
  61 Q   0.97775 0.02131 0.00093 ( 1)  0.097 +-  0.165
  62 T   0.95364 0.04119 0.00517 ( 1)  0.132 +-  0.362
  63 R   0.96411 0.03114 0.00475 ( 1)  0.126 +-  0.407
  64 R   0.97548 0.02272 0.00180 ( 1)  0.103 +-  0.238
  65 R   0.96923 0.02829 0.00248 ( 1)  0.110 +-  0.268
  66 A   0.93808 0.04936 0.01255 ( 1)  0.183 +-  0.657
  67 M   0.96652 0.03140 0.00208 ( 1)  0.110 +-  0.219
  68 R   0.97548 0.02272 0.00180 ( 1)  0.103 +-  0.238
  69 C   0.98364 0.01565 0.00071 ( 1)  0.092 +-  0.158
  70 C   0.70111 0.23643 0.06246 ( 1)  0.621 +-  1.436
  71 R   0.97875 0.01974 0.00151 ( 1)  0.099 +-  0.224
  72 R   0.97875 0.01974 0.00151 ( 1)  0.099 +-  0.224
  73 R   0.97548 0.02272 0.00180 ( 1)  0.103 +-  0.238
  74 Y   0.97644 0.02259 0.00097 ( 1)  0.098 +-  0.164
  75 R   0.97178 0.02547 0.00274 ( 1)  0.110 +-  0.307
  76 L   0.95663 0.03912 0.00425 ( 1)  0.126 +-  0.321
  77 R   0.96948 0.02761 0.00291 ( 1)  0.112 +-  0.305
  78 R   0.95579 0.03866 0.00555 ( 1)  0.134 +-  0.411
  79 R   0.58948 0.26683 0.14369 ( 1)  1.151 +-  2.197
  80 R   0.47719 0.33503 0.18778 ( 1)  1.483 +-  2.457
  81 P   0.00015 0.03692 0.96293 ( 3)  6.614 +-  2.783
  82 Y   0.96693 0.03068 0.00239 ( 1)  0.111 +-  0.245
  83 H   0.97787 0.02106 0.00107 ( 1)  0.097 +-  0.179
  84 I   0.95125 0.04219 0.00657 ( 1)  0.142 +-  0.442
  85 V   0.93085 0.05164 0.01751 ( 1)  0.219 +-  0.830
  86 S   0.93237 0.05137 0.01626 ( 1)  0.210 +-  0.784

Positively selected sites

	Prob(w>1)  mean w

    81 P      0.963*        6.614 +- 2.783

